Είναι νοσηρές καταστάσεις που προκαλούνται από την επίθεση του ανοσολογικού συστήματος κατά των ιστών και οργάνων του οργανισμού. Είναι κατ' εξοχήν νόσοι των γυναικών της αναπαραγώγιμης ηλικίας. Είναι δυνατό να προσβάλλουν ένα όργανο (οργανοειδικά) ή πολλά όργανα συγχρόνως ή διαδοχικά (συστηματικά). 

Η επιστημονική κοινότητα έχει αναγνωρίσει μέχρι τώρα εκατό και πλέον νοσήματα που πληρούν τις συνθήκες για να ονομάζονται αυτοάνοσα νοσήματα. Κάποια από τα νοσήματα αυτά παρατηρούνται συχνά, ενώ άλλα σπάνια. Μελέτες έχουν υπολογίσει ότι τριάντα έξι εκατομμύρια ευρωπαίων πάσχουν από αυτοάνοσα νοσήματα. Τα νοσήματα αυτά αποτελούν τη δεύτερη αιτία νοσηρότητας και την τρίτη αναπηρίας μεταξύ όλων των νοσημάτων.