Mehrere Jahre nachdem Jax den Hybrid besiegt hat, taucht eine neue Bedrohung am Himmel auf und entfesselt die gefährlichen Kräfte des dunklen Elex, wodurch der gesamte Planet in Gefahr gerät. Um den Frieden in Magalan zu verteidigen und die Sicherheit seiner Familie zu gewährleisten, muss Jax eine Mission starten, um die Fraktionen davon zu überzeugen, sich gegen die Invasoren zu vereinen und seinen eigenen Sohn Dex zu finden, der von ihm getrennt wurde…