Dieses Buch basiert auf einer Allegorie. In "Das Phantom der Oper" - dem berühmten Musical - dirigiert ein brillanter Komponist mit einem entstellten Gesicht Aufführungen aus der dunklen Unterwelt der Pariser Oper. Das Publikum genießt seine Kreationen, weigert sich jedoch, sein Gesicht zu sehen.

Die Wissenschaft, als ein weiteres Phantom der Oper, ist eine schöpferische Kraft, die ebenfalls die Welt aus dem "Untergrund" regiert. Es erscheint jedoch in zwei verschiedenen Versionen: das Phantom in der Natur und das Phantom in unserer Kultur. Das Phantom in der Natur sind die fundamentalen Gesetze - die Gesetze des Mikrokosmos -, die die natürliche Welt aus den Tiefen der Materie regieren, während das Phantom in unserer Kultur heute selbst die Wissenschaft als soziale Institution ist.

In beiden Versionen hat das Phantom ein sehr ungewohntes Gesicht. Die Gesetze des Mikrokosmos sind das Seltsamste, was wir bisher in der Natur gesehen haben, und das Gesicht der Wissenschaft selbst als soziale Institution ist für moderne Menschen nicht attraktiver.
Unsere Gesellschaften bewundern die Wissenschaft. Sie wissen, dass sie ihren materiellen Wohlstand ihr verdanken. Sie bevorzugen es jedoch, ihr wahres Gesicht, ihren grundlegenden Skeptizismus, den Geist des gesunden Zweifels, der sie charakterisiert, nicht zu sehen. Es ist besser, im Dunkeln zu bleiben; im Untergrund.

Dieses Buch versucht, den Leser mit diesen weniger vertrauten Aspekten der Wissenschaft zu versöhnen und gleichzeitig den ethischen Gehalt, der der wissenschaftlichen Methode selbst innewohnt, zu betonen: das Recht auf vernünftigen Zweifel und die Verpflichtung, frei zu denken und die empirische Realität als einzige Autorität anzuerkennen.