Das Mega 2560 Board kann mit der Arduino-Software (IDE) programmiert werden.
Der ATmega2560 auf dem Mega 2560 ist mit einem Bootloader vorprogrammiert, der es Ihnen ermöglicht, neuen Code darauf hochzuladen, ohne einen externen Hardware-Programmierer zu verwenden. Er kommuniziert mit dem ursprünglichen STK500-Protokoll.
Sie können den Bootloader auch umgehen und den Mikrocontroller über den ICSP-Header (In-Circuit Serial Programming) mit Arduino ISP oder ähnlichem programmieren.