Kostas Kazantzoglou, ein Flüchtling aus Ostthrakien, lässt sich während der Besatzungsjahre in Thessaloniki nieder, einer Stadt, die von Hunger, Sicherheitsbataillonen und der Verfolgung von Linken und Juden heimgesucht wird. Dort eröffnet er eine Schuhmacherwerkstatt und verwandelt sie bald in ein Versteck des Widerstands. Er trifft den Studenten Aris Anagnostakos, und gemeinsam organisieren sie ihren politischen Kampf. Aris verliebt sich in Tasoula, Kazantzoglous älteste Tochter - eine Liebe, die durch die Flammen des Krieges gehen und auf die Probe gestellt wird. Gleichzeitig entfaltet sich eine dunkle Affäre auf dem Berg Athos. Eine Nazi-Mission sucht nach Schätzen - darunter der Heilige Gral. Doch ihr Anführer, der Byzantinologe Franz Delger, gerät in die geheimnisvolle Welt von Athos, als er der Legende der "unsichtbaren Asketen" begegnet.
Die Stadt der Unschuldigen basiert auf wahren Geschichten, auf Zeugenaussagen der letzten lebenden Widerstandskämpfer von Thessaloniki. Auf der Reise durch den dunklen Kontinent der Erinnerung hebt sie den Kampf der unbekannten Menschen hervor, die die moderne Geschichte geschrieben haben. Gleichzeitig beleuchtet sie aus verschiedenen Blickwinkeln das harte Gesicht der 1940er Jahre und berührt Themen, die bis heute tabu sind.