D.Gray-man ist die Geschichte von Allen Walker, der auf einer fiktiven Erde des 19. Jahrhunderts nach Unschuld sucht, einer mysteriösen Substanz, die zur Bekämpfung von Dämonen namens Akuma verwendet wird.

Allen Walker reist zum Hauptquartier des Schwarzen Ordens, einer Gruppe von Exorzisten, die den Millennium Earl, den Schöpfer der Akuma, zerstören wollen. Allen ist bereits ein starker Exorzist und möchte dem Schwarzen Orden beitreten, aber er könnte es nicht einmal schaffen, an der Wache vorbeizukommen und überleben!